用协作数据解决方案加速癌症免疫治疗研究

 

beta365手机版

beta365手机版与产品远见者合作,执行他们的大创意. beta365下载建立创新的解决方案,加速技术路线图,并为beta365下载的客户及其客户提供真正的影响.

更新于2020年9月11日

乍一看

Sage bionetwork 利用开放科学实践和开发新的研究技术,使科学家能够更有效地合作和负责任地共享数据. 作为非营利和中立的召集人, Sage认为,在分布式研究社区中培养团队合作有助于加速和改善人类健康结果. Sage在为一系列合作研究项目开发定制应用程序方面经验丰富, 他们寻求beta365手机版的专业知识,以提高CRI iAtlas平台的可靠性.

研究人员的新免疫治疗工具

与癌症研究所(CRI)和系统生物学研究所(ISB)合作, 赛奇生物网络公司开发了 交互式门户CRI iAtlas. CRI iAtlas寻求帮助科学家在免疫特征和相互作用的背景下改进肿瘤的遗传研究. 例如, 假设一项研究假设一种影响免疫细胞亚型的特定化合物减缓了特定肿瘤的生长方式. 在这种情况下, 研究者可以在iAtlas中探索从多个其他广泛研究和超过10项研究中编译的结果,000人提供证据. 继续扩展此资源的效用, iAtlas团队与全球研究界合作,整合了新的数据群——以gb为单位的数据输出,文件数量为20,000个或更多的基因,可能还有数百万个突变. 这些数据既需要安全存储,也需要供科学家访问. 

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“这不是我与beta365手机版合作的第一个项目,所以我很乐观. 其中一个真正有益的事情是他们的工程师如何与beta365下载的科学家和数据工程师并肩工作,以达到beta365下载可以自己维护的最终结果.”

Dr. 詹姆斯•艾迪 主任信息学 & 生物运算, Sage bionetwork

AWS数据库解决方案

依赖于平面文件(e.g.,表格数据用 .txt或 .CSV扩展)存储和加载这些数据是维护的挑战, 手动密集, 在大范围内表现不佳. Sage希望用数据库架构(可能还有缓存层)取代平面文件,以改进数据管理, 性能, 以及可扩展性,以支持当前和未来的数据可视化模块. 他们还试图合并持续集成(CI)和持续部署(CD)工具.

他们需要一个有成就和创新的软件合作伙伴,能够把CRI iAtlas的愿景变成一个可靠的平台. beta365手机版就是那个合作伙伴.

在项目的第一阶段, 新成立的团队重构了CRI iAtlas应用程序, 允许科学家和开发人员查询大量数据. CRI iAtlas在通过安全门户公开数据以进行子集分析之前,可以更快、更有效地找到数据并对其进行排序. 使用CRI iAtlas的研究人员越多, 他们就能更快地选择一个子集, 就越容易创建可视化. 简化曾经密集的数据量,可以为假设提供更直接的答案, 促进未来癌症诊断和治疗的研究.

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“在整合新的数据源和数据类型方面,beta365下载在[iAtlas]中管理数据的方式令人望而却步, 还有缩放. beta365下载意识到需要摆脱平面文件,并想出了解决方案, 但与与一个基于云的数据库系统的专家团队合作相比,很难找到足够的带宽来建立原型并探索这些想法.”

Dr. 詹姆斯•艾迪 主任信息学 & 生物运算, Sage bionetwork

在第一阶段取得成功的基础上, 该团队随后将注意力转移到第二阶段:用Python和GraphQL设计和开发iAtlas Data API,以便研究人员更容易地消费CRI iAtlas内容. 利用已经完成的工作来自动化新数据集的构建和部署, iAtlas数据API将允许Sage在私有环境中运行其数据转换和数据库构建管道. 创建新版本的数据库是计算密集型的,但也不定期发生. beta365手机版提出了一个AWS解决方案,使用EC2 Spot实例,并根据需要提供它们来运行数据构建任务. Sage现在只会在使用构建环境时付费.

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“就长期影响而言, beta365下载与beta365手机版积极的工作关系使这种合作成为其他团队和其他项目的吸引人的途径."

Dr. 信息学主任詹姆斯·埃迪说 & 生物运算,Sage bionetwork

一起更好的科学

在一起, beta365手机版和Sage团队定义的, 建, 以及应用程序特性和用例所需的优化查询. 所有的技术选择都是为了确保Sage团队在交付后能够维护和构建协作.

该应用程序已经从一个初始数据集增长到九个,现在该团队已经具备了更好的条件,可以根据研究需要增加更多数据集, 随着平台的发展,他们可以向用户发布新信息.

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CRI iAtlas的开放获取可以帮助癌症研究人员探索数据以寻找趋势, 生成的假设, 并决定在哪里深入挖掘——最终推动癌症研究社区,帮助推进潜在治疗和治愈的目标.